第一段階、第二段階、第三段階の主な違いは、登録できる志望数（単願か複願か）、募集される定員の割合、および志望先変更の可否です。

各段階の具体的な違いは以下の通りです。

1. 第一段階

• 対象者: 進学選択に参加する全学生。
• 定員: 各進学単位（学部・学科等）の受け入れ予定数の約7割がここで決定されます。
• 登録方法: 第1志望のみを1つだけ登録（単願）します。
• 志望の変更: 7月ごろに「志望集計表（どの進学先に何人希望しているか）」が公表され、それを見て所定の期間内に志望先を変更することが可能です。

2. 第二段階

• 対象者: 第一段階で内定しなかった学生のみ。
• 定員: 第一段階の残り約3割の枠＋第一段階で埋まらなかった指定科類枠の不足分。
• 登録方法: 志望する全ての進学先を希望順に複数登録（複願）できます。
• マッチング方法: 「受入保留アルゴリズム」が用いられるため、自分の本当の志望順に全て登録することが求められます。
• 志望の変更: 志望集計表の公表はなく、登録後の志望変更はできません。

3. 第三段階

• 対象者: 第二段階までで内定しなかった学生のみ。
• 定員: 第二段階終了時に定員を満たさなかった進学単位の残り枠に対して行われます（※定員が埋まっている場合は実施されない学部・学科もあります）。
• 登録方法: 第1志望から第3志望まで登録できます。それぞれ単願での登録ですが、志望学部内に複数の進学単位がある場合は複願も可能です。
• 志望の変更: 第二段階と同様に、登録後の志望変更はできません。

なお、この第三段階まで終了してもいずれの進学先にも内定しなかった学生は、「降年（2年生の秋学期に進まず、1年生の秋学期に戻って履修すること）」となります。